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医院的骨外科、内分泌代谢科、耳鼻咽喉科、医学影像科、运动医学科、急诊医学科为国家临床重点专科；骨外科学、内分泌与代谢病学、心血管病学是国家教育部重点学科；四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学是上海市重点学科；先后经上海市人民政府批准设立上海市创伤骨科临床医学中心和上海市糖尿病临床医学中心，并入选上海市“重中之重”临床医学中心；耳鼻咽喉科入选上海市“重中之重”临床重点专科；国家中医管理批准设立全国综合性医院示范中医科；上海市卫计委批准成立上海市急性创伤急救中心、上海市传染病专科诊治中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市脑卒中临床救治中心和生殖医学中心；普通外科、泌尿外科、妇产科、麻醉科、超声医学科、血液内科、心血管内科、骨质疏松专科、肿瘤内科和肾脏风湿科为上海交通大学医学院重点学科和院级重点学科。 医院拥有一批有突出贡献的专家队伍。截止2014年底，已有中国工程院院士1人，卫生部突出贡献中青年专家3人，国家973项目首席科学家1人，国家自然基金杰出青年基金1人，国家自然基金优秀青年基金1人，中组部青年拔尖人才计划2人，人事部百千万人才计划3人，上海市3人，上海市科技精英1人，上海市领军人才8人，上海市优秀学科带头人11人，启明星（跟踪）34人，浦江人才计划14人。1人获南丁格尔奖，3人获全国劳模称号，9人获上海市劳模称号。 医院2014年门急诊量达364.8万人次，出院病人数9.3万人次，手术8.09万人次。医院从1963年以来获得国家、省部（市）等各级各类奖项240项，其中国家发明一等奖1项、国家科技进步二等奖4项、其他奖13项、省部（市）及其他级奖项222项；2014年度正式发表SCI /EI论文430篇。医院2004年获全国卫生系统集体、2005年、2009年、2011年连续三届荣获全国文明单位、2006年获全国五一劳动奖状、2007年获全国厂务公开民主管理单位、2008年获2005－2007年度全国医院管理年活动单位称号。百年六院沉淀了深厚的底蕴和的内涵，抚今追昔，继承传统、发扬光大、开拓、努力奋进是他们这一代传承者义不容辞的责任。医院将坚持公益性办院方向，遵循医院建设的基本规律，深化医院，强化内涵建设、健全机制，进一步提高医院运行效率，推进学科和人才建设，提高医疗质量和服务水平，增强医院综合实力，为加快发展我国卫生事业和保障广大人民群众身体健康作出更大的贡献。
医院设有上海交通大学市六临床医学院、上海市四肢显微外科研究所、上海市糖尿病研究所、中国上海国际四肢显微外科培训中心、上海市医学超声培训中心、上海交通大学影像医学研究所、上海交通大学耳鼻咽喉研究所、上海交通大学创伤骨科研究所和上海交通大
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